Oryginały oraz kopie faktur oraz ich korekt godzi się przetrzymywać do chwili upływania terminów przedawnień zobowiązań podatkowych.
Dokumenta takie godzi się przetrzymywać w tego rodzaju formie, w której powstały. O ile zostały sporządzone w formie papierowej, to w tej formie powinny zostać ponadto przechowywane poprzez cały wymagany okres ich archiwizowania (np. faktury VAT wystawione w formie papierowej nie powinny zostać przechowywane w formie elektronicznej). Wszystkie faktury przesłane w formie elektronicznej powinny zostać przechowywane w formie cyfrowej.
Nie mamy sposobność zatem faktury elektronicznej wydrukować i skasować oryginalnego pliku elektronicznego. E-faktura ma obowiązek zachować typ formatu, w jakim była przesłana (tak, ażeby zagwarantować autentyczność jej pochodzenia i integralność wiadomości oraz dodatkowo - co jest bardzo istotne - jej czytelność poprzez calusieńki okres przechowywania). Nie mamy sposobność takiej faktury w żaden sposób modyfikować, dzielić czy poprawiać.
Cyfrowe faktury przechowuje się w stylu umożliwiający natychmiastowy i pełny wstęp do nich drogą elektroniczną (np. na żądanie organów podatkowych). Podatnik musi w w tej dziedzinie zatroszczyć się o możność ich wydruku i zagwarantowanie prawidłowej czytelności. E-faktura powinna zawierać takie samiuteńkie wiadomości, co faktura papierowa, czyli: potwierdzenie i datę dokonania odsprzedaży, podstawę opodatkowania, stawkę i sumę podatku, cenę jednostkową bez podatku, sumę należności, dane dotyczące nabywcy i podatnika.
Faktury mają szansę być wystawiane, przesyłane oraz przechowywane w stylu elektronicznej, pod warunkiem zapewnienia odpowiedniego wysokości bezpieczeństwa tegoż procesu. Przepisem na zagwarantowanie autentyczności pochodzenia druków jak również integralności tych wyżej wymienionych treści jest posługiwanie się tzw. podpisem elektronicznym, weryfikowanym za pomocą kwalifikowanego certyfikatu bezpieczeństwa. Szerzej na temat e-podpisu poniżej.